Группа создает себе имидж эпатажной группы, появляясь на сцене полуголыми, а то и хуже. Вскоре Словак возвращается в группу, и второй альбом, спродюсированный Джорджем Клинтоном, уже записывается с его участием. Скоро возвращается и Мартинез — группа начинает играть в своем первоначальном составе. В 1988 году «перцы» выпускают “The Abbey Road EP”. На обложке диска, пародирующей диск Beatles, музыканты были изображены полностью голыми, прикрывающими носками гениталии. В июне 1988 года Словак умирает от передозировки героина. Глубоко потрясенный Айронс уходит, и в это время в группу приходят гитарист Джон Фрусчианте (05.03.1970) и барабанщик Чед Смит (25.10.1962).

После выхода альбома “Mother’s Milk” группа выпускает сингл “Knock Me Down”, посвященный памяти Словака. Следующий альбом “Blood Sugar Sex Magik” получает большой успех, а баллада “Under The Bridge” попадает на второе место в хит параде США.

В 1992 году Фрусчианте уходит из группы. «Перцы» долго не могут найти ему достойную замену, которой в результате становится бывший участник Jane’s Addiction Дейв Наварро (07.07.1967). Вместе с ним группа записывает альбом “One Hot Minute” в 1995 году. Затем группа выпускает еще один трансатлантический хит “Love Rollercoaster”, вышедший на саундтреке к мультфильму “Beavis And Butthead Do America”. В 1998 году Наварро уходит, и в группу возвращается Джон Фрусчианте. В 1999 году выходит альбом “Californication”, ставший самым коммерчески удачным альбомом группы. Диск поднимается на верхние строчки хит-парадов в США и Великобритании, также как и синглы “Scar Tissue” и “Parallel Universe”. В августе того же года группа впервые приезжает в Москву и выступает на Красной площади в рамках акции «MTV Party’я». В следующем году «перцы» проводят большое турне в поддержку “Californication”. В 2002 году группа выпускает новый альбом “By The Way”, который также получает большой успех и попадает на вершины чартов по обе стороны океана. Red Hot Chili Peppers признаются «Лучшей группой мира» на церемонии вручении наград журнала Kerrang в Лондоне. История одной из лучших фанковых команд мира продолжается.